Pergelutan yang berlaku di republik tersebut semakin lama semakin tidak digemari dalam kalangan rakyat Sepanyol itu sendiri. Kerugian yang dibawa dalam peperangan ini akhirnya menjadi antara perkara yang menggesa peletakkan jawatan Perdana Menteri Sepanyol, Leopoldo O'Donnell pada 2 Mac 1863.

Ramón María Narváez mengambil alih jawatan pemimpin Cortes Generales di mana para anggotanya memutuskan peperangan ini tidak dapat diteruskan lagi. Maka dengan ini, Kementerian Perang Kerajaan Sepanyol mengisytiharkan tamatnya perang ini dengan titah pengesahan diraja Ratu Isabel II pada 3 Mac 1865. Para balatentera Sepanyol mula meninggalkan pulau tersebut pada 15 Julai tahun sama.